Vylepšený nástroj pro více omomika osvětluje progresi rakoviny

Nový nástroj vyvinutý společností Weill Cornell Medicine a vyšetřovatelé University of Adelaide zvýšil schopnost sledovat více genových mutací a současně zaznamenávat genovou aktivitu v jednotlivých rakovinných buňkách. Technologie, která nyní může používat různé typy vzorků patologie a rychle zpracovávat velké množství buněk, umožnila vyšetřovatelům získat nové poznatky o tom, jak se rakoviny vyvíjejí směrem k větší agresivitě a terapeutické rezistenci.

Popsáno v papíru Publikováno v Buněčná genomikaNový nástroj, Got-Multi, je pokrokem nové generace nad dřívějším nástrojem s názvem GOT (genotypizace transkriptomů). Got byl velmi inovativní, ale omezený při detekci určitých genů a počtu mutací, které by mohla detekovat najednou, a bylo omezeno na čerstvé nebo zmrazené Vzorky tkáně.

Got-Multi podstatně překonává tato omezení a zvládne vzorky tkání konzervovaných chemikálií zvanou formalin a zabudovaný do vosku-typ vzorku, který obsahuje obrovský vědecký zdroj v patologických laboratořích nemocnice po celém světě. Vědci zdůraznili potenciál Got-Multiho tím, že jej použili k odhalení nových podrobností o tom, jak se relativně indolentní leukémie může vyvinout v agresivní lymfom.

„This technology gives us substantial new power to answer important questions about how cancers evolve, from the beginnings of pre-cancerous neoplastic outgrowths to transformation into malignancy and finally to therapy resistance,“ said study co-senior author Dr. Anna Nam, an assistant professor of pathology and laboratory medicine, the Gellert Family/John P. Leonard, MD Research Scholar in Hematology and Medical Oncology, and a member of the Englander Institute for Precision Medicine a Sandra a Edward Meyer Cancer Center ve Weill Cornell Medicine.

Dalším autorským autorkou studie byl Dr. Luciano Martelotto, docent a vedoucí týmu v Adelaide Center for Epigenetics, University of Adelaide. Minwoo Pak a Dr. Mirca Saurty-Seerunghen z laboratoře Dr. Nam s tímto dílem doložili.

Dr. Nam, který je také patologem v New York-Presbyterian/Weill Cornell Medical Center, vedl vývoj nástroje GON na konci roku 2010 jako postdoktorandský výzkumník v laboratoři Dr. Dan Landau, profesor rodiny Bibliowiczů a jádrového medicíny v rámci Precision Medicine a Sandra a Sandra a centra sandry a je jádrem Fultanově centra.

Got and Got-Multi jsou považovány za „jednobuněčné multi-omics“ nástroje, protože umožňují vědcům zaznamenávat více vrstev informací z jednotlivé buňky.

Při výrazné demonstraci jedinečných schopností Got-Multi to vědci aplikovali na vzorky tkání, včetně typu vzorku, který nemohli analyzovat, od pacientů s pacienty s Chronická lymfocytární leukémie Přechod směrem k malignímu velkému lymfomu B-buněk-změna známá jako transformace Richteru.

Tento nástroj umožnil vědcům profilovat desítky tisíc jednotlivých nádorových buněk, sledovat přítomnost více než dvou desítek různých genových mutací a vidět, jak se tyto mutace týkají aktivity buněk – některé buňky rostou rychleji, jiné vyvolávají zánět – jak se rakovina vyvinula. Celkově Got-Multi osvětlil tento maligní postup jako nikdy předtím.

Vědci nyní aplikují Got-Multi na velkou skupinu lymfomů rezistentních na terapii a také je používají k mapování vývoje jiných rakovin a prekancerózních států. Očekávají, že poznatky poskytnuté Got-Multi navrhují nové terapeutické strategie.