Složitost návrhu – prohnuté stěny a stropy, všude křivky – převyšovala schopnost architektů kreslit na papír pomocí euklidovských a karteziánských nástrojů a matematiky. Přijal pokročilý letecký software CATIA (počítačem podporovaná trojrozměrná interaktivní aplikace), aby dokumentoval a zkrotil složitou složitost.
Vyzbrojen CATIA pokračoval ve stavbě Bilbao Guggenheimkterá se podobá plaveckému hejnu bezhlavých ryb, tekoucích podél řeky Nervión. Počítačová věda umožnila studium nelineárních jevů, jako jsou mraky, a vytvořila neposlušné nelineární budovy, jako je Guggenheim, se svou chaotickou afinitou k mrakům nad nimi a horám za nimi, jak kreslícími, tak sestavitelnými. Měřitelný svět krabic ustoupil neovládnuté a neovladatelné realitě.
Když se otevřelo, Bilbao zařvalo. Ohromující design, světlo odrážející se od vířícího titanového povrchu, z něj udělalo možná nejslavnějšího architekta na světě, který zahájil „Bilbao efekt“: kulturně ambiciózní města brzy chtěla svého Gehryho. Na rozdíl od většiny ostatních veřejných památek byl chaotický, neopakující se, neklasický, übermodernistický a zdánlivě iracionální. Jeho nová, nečekaná podoba krásy vyžadovala nové oči, aby viděly.
Kdyby se jeho dům v Santa Monice stal cílem, Guggenheim v Bilbau – pokřtěný králem Juan Carlos I Španělska v roce 1997 – mělo zjevně uklidňující účinek na Bilbao, kde nedlouho po jeho otevření, jak Gehry rád zdůraznil, baskičtí separatisté položit ruce. Budova povýšila město s rezavým pásem na mezinárodní slávu, čímž si získala respekt i baskický národ.
Jedno mistrovské dílo následovalo druhé, nejvíce se usadilo ve variacích na dvě témata. Pařížské Nadace Louis Vuitton v roce 2014, objednaný společností LVMH Bernard Arnault, čerpal z Guggenheimova a dřívějšího Disney Hall pro jeho plynoucí a vlající formy – ale viděný kubistickou optikou. Dokonce i skleněné kancelářské záclonové stěny Barry DillerCentrála IAC na břehu řeky Hudson na Manhattanu se v roce 2007 vzedmula. V přídavku pro Guggenheimovo muzeum navrhl Gehry jeho obrovskou základnu v Abu Dhabi jako koláž komolých kuželů, pyramid a krabic v náhlém srovnání, podle dřívějšího architektova paradigmatu kolidujících tvarů. V roce 2021 se rozloučil i se svými vlastními precedenty s tyčícím se ledovcem fraktálů z nerezové oceli, které se třpytily ve dne i v noci. Umělecké centrum LUMA Arles na jihu Francie na objednávku mecenáše umění Maya Hoffmannová.
