Nový genomický screeningový nástroj umožňuje přesné reverzní inženýrství genetického programování v buňkách

Kolaborativní výzkum vedený vyšetřovateli v DANA-FARBER/BOSTONOVÉ DĚTSKÉ KRACENÍ A PORUŠENÍ CENTRIEM CENTRIES NÁHRADEJÍ nový přístup k pochopení toho, jak určité proteiny nazývané transkripční faktory určují, které genetické programy povedou k růstu a zrání buněk. Studie je Publikováno v časopise Věda.

Metoda, nazývaná „perlurtum-multiom“, používá CRISPR k vyřazení funkce jednotlivých transkripčních faktorů napříč mnoha krevními buňkami najednou. Vědci pak provedou analýzy s jedním buňkami na každé buňce, aby změřili účinky editace, včetně identifikace, které geny byly zapnuty nebo vypnuto a které geny jsou dostupné (na základě epigenetických markerů). Tým použil tento nástroj na nezralé krvinky, aby identifikoval důležité transkripční faktory– a oblasti DNA, které pro ně kódují – to silně ovlivňuje, jak krevní buňky rozvíjet.

Zjistili, že mnoho oblastí DNA, které identifikovaly za důležité pro řízení krvinek, jsou také regiony, které mají mutace spojené s poruchami krve. Oblasti DNA, které identifikovali, zabírají méně než 0,3% genomu, ale vysvětlují nepřiměřeně velký podíl genetického vlivu na rysy krevních buněk a specializaci.

V dřívější práci použili vyšetřovatelé z tohoto týmu a dalších spolupracovníků Studie asociace celého genomu Pro identifikaci transkripčního faktoru odpovědného za vypnutí fetálního hemoglobinu po narození a položení základu pro vývoj genové terapie pro srpkovité onemocnění a beta thalassemii.

Tento nový přístup k multitiomu perturturtu umožňuje vědcům systematicky odhalit, jak tisíce variant transkripčních faktorů ovlivňují produkci krevních buněk a ovlivňují riziko onemocnění a vytvářejí příležitosti pro nalezení mnohem více nových cílených terapií pro poruchy krve.