Nástroj CRISPR odhaluje genetické řidiče zrání krvinek

Shrnutí: Kolaborativní výzkum vedený vyšetřovateli v DANA-FARBER/BOSTONOVÉ DĚTSKÉ KRACENÍ A PORUŠENÍ CENTRIEM CENTRIES NÁHRADEJÍ nový přístup k pochopení toho, jak určité proteiny nazývané transkripční faktory určují, které genetické programy povedou k růstu a zrání buněk. Metoda, nazývaná „perlurtum-multiom“, používá CRISPR k vyřazení funkce jednotlivých transkripčních faktorů napříč mnoha krevními buňkami najednou. Vědci pak provedou analýzy s jedním buňkami na každé buňce, aby změřili účinky editace, včetně identifikace, které geny byly zapnuty nebo vypnuto a které geny jsou dostupné (na základě epigenetických markerů). Tým použil tento nástroj na nezralé krvinky, aby identifikoval důležité transkripční faktory – a oblasti DNA, které pro ně kódují – které silně ovlivňují to, jak se krevní buňky vyvíjejí. Zjistili, že mnoho oblastí DNA, které identifikovaly za důležité pro řízení krvinek, jsou také regiony, které mají mutace spojené s poruchami krve. Oblasti DNA, které identifikovali, zabírají méně než 0,3% genomu, ale vysvětlují nepřiměřeně velký podíl genetického vlivu na rysy krevních buněk a specializaci.

Význam: V dřívější práci vyšetřovatelé z tohoto týmu a dalších spolupracovníků použili studie asociace celého genomu k identifikaci transkripčního faktoru odpovědného za vypnutí fetálního hemoglobinu po narození a položili základy pro rozvoj vývoje Genová terapie pro srpkovité onemocnění a beta thalassemii. Tento nový přístup k multitiomu perturturtu umožňuje vědcům systematicky odhalit, jak tisíce variant transkripčních faktorů ovlivňují produkci krevních buněk a ovlivňují riziko onemocnění a vytvářejí příležitosti pro nalezení mnohem více nových cílených terapií pro poruchy krve.