Nová technika přináší velmi zředěné vzorky do zaměření

Obrázek použitý pro reprezentaci

(Tento článek je součástí vědy pro všechny zpravodaje, který vytáhne žargon z vědy a vkládá zábavu! Přihlaste se k odběru!)

Vědci používají výkonnou techniku ​​zvanou kryo-elektronová mikroskopie k vidění 3D tvarů biologických molekul, ale technika obvykle potřebuje, aby molekuly byly extrémně koncentrované. U vzácných nebo jemnějších molekul je to těžké dosáhnout. Výsledkem je, že vědci nejsou jasní na tvarech mnoha důležitých struktur.

V nové studii vědci v USA vytvořili řešení zvané magnetická izolace a koncentraci kryo-elektronové mikroskopie (Kouzlo zkrátka). Umožňuje vědcům obejít omezení a studovat vzorky zhruba o 100 až 1 000krát více zředěných než dříve.

Zjištění byla zveřejněna v elife 20. května.

Nová metoda pracuje připevněním molekul, které se zajímají o vzorek na 50 nm kuliček, a poté shlukuje korálky dohromady. Připevnění bylo poskytnuto proteinem zvaným Spacer. Držel cílové molekuly dostatečně daleko od povrchu korálky, aby zabránil rozmazání obrazu.

Poté magnet před zamrznutím přitáhl naložené kuličky na mřížku kryo-EM, což ostře snižovalo množství vzorku ztraceného v kroku blotování. Tímto způsobem každý mikrograf také skončil s více než 100 použitelnými obrazy částic, i když roztok měl méně než 0,0005 mg/ml molekul.

Protože korálky byly snadné vidět i při nízkém zvětšení, vědci mohli rychle přesunout mikroskop do oblastí bohatých na částice a zrychlit sběr dat.

Malé částice se často schovávají v pozadí šumu. Aby je autoři vytáhli, vytvořili počítačový pracovní postup s názvem Duplikovaný výběr, aby vyloučili odpadky (Duster). Vybrala každou částici dvakrát, udržovala ty, které po dvou kolech 2D nebo 3D klasifikace přistály na stejném místě, a zbytek odhodil.

Duster tak zachránil jasné třídy z obrázků, které zpočátku mohly vypadat beznadějně.

Tato technika otevírá dveře studiu mnoha molekul s nízkým množstvím bez pracných kroků čištění.

Manaswini Vijayakumar je internející s hinduisty.

Z vědeckých stránek

Roh otázek

Flora a fauna