Vědci z laboratoře Zhang Liye vyvinuli průkopnický nástroj, který revolucionizuje způsob, jakým vědci navrhují primery pro detekci patogenů. Tento nový plynovod, který skenuje celé genomy k identifikaci nejúčinnějších sad primerů, by mohl výrazně zvýšit rychlost a přesnost diagnostiky infekčních chorob. Zjištění, zveřejněná 15. února 2025 Hranice informatikyřešit kritickou výzvu v návrhu primeru kvantitativního PCR (qPCR).
Na rozdíl od stávajícího softwaru, který vyžaduje manuální výběr specifických genů nebo regionů, tento nový nástroj automaticky prohledává v celém genomu, což vědcům usnadňuje vývoj vysoce specifických a citlivých testů na patogeny. Automatizací procesu návrhu primeru napříč celými genomy umožňuje potrubí rychlejší a přesnější identifikaci mikroorganismů způsobujících onemocnění, které by mohly mít dalekosáhlé důsledky pro veřejné zdraví. Tým prokázal účinnost nástroje navrhováním primerů k rozlišení dvou úzce souvisejících plísňových patogenů, Cryptococcus gattii a Cryptococcus neoformans. V laboratorních testech vykazovaly primery pozoruhodnou specificitu a zesilují pouze cílové patogeny a vyhýbaly se falešným pozitivům z devíti dalších kontrolních druhů.
Tato inovace přichází v rozhodujícím čase, protože globální komunita se stále potýká s výzvami rychle se vyvíjejících patogenů. Vědci se domnívají, že jejich nástroj by mohl být obzvláště cenný pro navrhování primerů pro viry a houby, což potenciálně zrychluje reakci na vznikající infekční onemocnění. Potrubí je volně dostupné jako balíček Python, což umožňuje vědcům po celém světě přístup a využívat tento silný nový zdroj. Vzhledem k tomu, že vědecká komunita přijímá tento nástroj, mohlo by to vést k rychlejším a přesnějším diagnostičtějším testům, což nakonec zlepšilo péči o pacienty a výsledky veřejného zdraví.
Zdroj:
Reference časopisu:
Je, w., et al. (2024). Skenování primerů genomu (GPS): balíček Python pro flexibilní, spolehlivý a rozsáhlý návrhový nástroj primerů. Hranice informatiky. doi.org/10.1007/S11704-024-40392-Z.
